位于太阳系的第三大行星——地球，在西历2045年面临着有史以来最大的灾难。一颗巨大慧星……划破了南极洲寂静的上空，从天而降。
地震、海啸，冰川融解、海平面上升，始料未及的大灾难，以势不可挡的速度扩散到了附近的岛屿和大陆。
人们还沉浸在失去亲人和家园的悲伤和痛苦中，更大的危机正在悄悄逼近。
沉睡在地底的不明超生物“圣魔”，在陨石的强烈撞击下苏醒了，他们的目标是消灭人类成为地球上新的主宰。
为了对抗从南极洲爬出来的超生物，世界各地的人们共同团结起来，以大主席米希安为代表，组建了不以国籍区分的“米希安联合众国”和“米希安军队”。米希安军队集结了世界各地最强大的军事力量，很快歼灭了从消失的南极洲海域爬到陆地上作乱的所有巨型怪兽，取得了首次胜利。
但那群被歼灭的巨型怪兽，仅仅是未完成智力进化被其余圣魔抛弃的兽型圣魔。余下的人形圣魔，会运用名为“圣灵魔法”的超能力，帮助他们腾空飞行的同时，其破坏威力远胜人类创造的所有热兵器。就算是米希安军队，也无法阻止人形圣魔的猛烈进攻，节节败退。
就在人类命运危在旦夕之时，同圣魔一样会使用“圣灵魔法”的神秘超能力者出现了，其名为“圣灵魔法使”。
与使用圣灵魔法破坏和支配的圣魔不同，圣灵魔法使们相信圣灵女神赋予他们的使命：圣灵魔法，是用来创造奇迹的。